El juego describe las aventuras de los hermanos Mario y Luigi. En esta ocasión ambos deben rescatar a la Princesa Peach del Reino Champiñón que fue secuestrada por el rey de los Koopas, Bowser. A través de ocho diferentes mundos, los jugadores pueden controlar a alguno de los dos hermanos y deben enfrentarse finalmente tras los niveles correspondientes de cada mundo a los monstruos de cada castillo para rescatar a la Princesa Peach.